Сюжет 1: противостояние между жителями Альфы-1 и Альфы-2, блокады, разведки, холодная война.
Обосновавшись кто где - Альфа-1 в глубинах, Альфа-2 - на поверхности, - люди принялись восстанавливать цивилизацию. Однако, если Альфа-1 стала настоящим государством - власть здесь захватила группа людей, назвавшаяся "Мефи", - то с Альфой-2 дела обстояли прискорбнее. Радиация не убила их, но стерла память. Люди начали выстраивать жизнь заново. В то время, как на Альфе-1 "Мефи" и приближенные занимались разработкой технологий, люди на Альфе-2 придумывали и ублажали богов, складывали родово-племенные отношения и занимались охотой и собирательством.
Вскоре вопрос охоты остро встал и на Альфе-1. Людям приходилось делать вылазки на поверхность, чтобы убивать зверье и собирать травы. При этом жестокие охотники не упускали случая убить и наземного жителя - мясо человека, по крайней мере, точно съедобно. Напуганные жители поверхности считали это карой небесной.
Через время, поняв, что радиация больше не убивает, жители Альфы-1 захотели захватить поверхность, однако открывать войну опасались - наверху жизнь куда опаснее, хотя бы из-за того, что всюду бродят дикие и страшные животные. "Мефи" начало планомерный геноцид, травлю, на что Альфа-2 отвечала молитвами.
Сюжет 2: противостояние между "Мефи", "Койлом" и "Вегой" на Альфе-1
На Альфе-1, помимо активной внешней, развивается бурная внутренняя политика. Общество, недовольное диктатурой "Мефи", поднимается на восстания. В оппозицию "Мефи" создаются другие политические партии, главные из которых - "Койл" и "Вега". В борьбе за власть, партии не боятся радикальных мер. Головы невиновных летят в большом количестве.
Сюжет 3: борьба с эпидемией вируса Кло на Альфе-2.
На Альфе-2 же разгарается неизвестная эпидемия, поражающая живые ткани, долго и мучительно убивающая людей. Напуганные жители думают, что это кара небесная. Часть людей остается на острове в надежде вымолить пощаду, отмолить свои грехи. Самые ярые жрецы разворачивают активную пропаганду молитв, агитируют людей. Но среди жителей Альфы-2 появляются люди, усомнившиеся в существовании богов. Усомнившись в религии, они предполагают, что где-то еще есть жизнь, и может, это совсем другой мир. Они собираются бежать и пытаются поднять на это массы. Но ярые верозащитники пытаются подавлять их выступления. На острове воцаряется безумие и ужас.